清水河县位于内蒙古自治区首府呼和浩特市最南端，东南以明代长城为界，与山西平鲁区、偏关县相邻；西濒黄河与鄂尔多斯市准格尔旗隔河相望；北依古力畔几河，与和林县毗邻；西北部与托县接壤，整体位置处于“蒙、晋、陕”三省交界处和“呼包银榆经济区”腹地，是首府及自治区向南开放和交流的重要窗口，也是鄂尔多斯地区能源输出的主要通道和煤炭外运集散地。全县总面积2859平方公里，辖4镇4乡和1个经济技术开发区，103个行政村，6个社区，798个自然村，居住着蒙、汉、回、满等12个民族共14.7万人。

清水河县人民检察院坐落在清水河县城关镇平安街，原有内设机构14个，分别是办公室、政工科、侦查监督科、公诉科、监所检察科、控告申诉检察科、民事行政检察科、检察技术科、法律政策研究室、监察室、案件管理科、司法警察大队、服务中心、派驻窑沟乡检察室。

2019年4月29日，按照司法体制改革总体要求，全面落实“捕诉一体化机制”，完成内设机构改革。改革后机构设置采取业务机构、综合行政机构“3+2”的模式：业务机构设置3个，即第一检察部、第二检察部、第三检察部；综合行政机构设置2个，即办公室、政治部；下设司法警察大队；同时保留服务中心、派驻窑沟乡检察室，共计8个内设(下设)机构。现有在职干警43人，其中政法专项编制26名，事业编制17名。     

清水河县人民检察院忠实履行宪法和法律赋予的职责，开拓进取、务实创新，紧紧围绕“建设一流班子、打造一流队伍、创造一流业绩、构建一流管理、提供一流保障”的工作目标，以主题教育实践活动为载体，以革命化、年轻化、知识化、专业化的“四化干部”标准为引领，大力加强检察队伍专业化建设，进一步提高检察队伍的整体素质。近年来，集体与个人多次荣获各级党委、政府和上级检察机关的肯定与表彰，连续15年被清水河县委、政府授于“实绩突出领导班子”，连续多年被自治区检察院授予“全区文明接待室”，连续多年被呼和浩特市人民检察院评为“先进基层检察院”。

2008年被自治区党委、政府、军区命名为“全区文明单位”；2011年被县委、市委、自治区党委分别授予全县、全市、全区“先进基层党组织”荣誉称号，被自治区检察院授予“全区检察机关基层检察院建设进步奖”，被呼和浩特市人民检察院授予“全市检察机关集体三等功”；2012年被呼和浩特市人民检察院授予“全市检察机关集体三等功”、“全市检察机关基层检察院建设进步奖”；2014年被呼和浩特市人民检察院授予“全市检察机关先进检察院”；2015年被呼和浩特市民族事务委员会办公室授予“全市民族团结进步创建活动示范单位”；2016年被呼和浩特市人民检察院授予“集体嘉奖”；2017年被呼和浩特市人民检察院授予“集体嘉奖”，被中共清水河县委员会授予“ ‘两学一做’学习教育先进党组织”，2019年度被呼和浩特市人民检察院授予“队伍管理工作突出”，2020年度被最高人民检察院授予“2020年度全国检察宣传先进单位”。